Ngay sau khi cuộc hôn nhân của mình, Baker liên kết với các môn đệ của Chúa Kitô và tham gia vào việc rao giảng bán thời gian như một hệ quả để nhân rộng sự quan tâm của mọi người về kỹ năng của mình trong nhà nguyện công cộng. Đó là hành động đã khiến ông nổi tiếng. Một năm sau cuộc hôn nhân của mình, Baker tham gia Chiến tranh Black Hawk nhưng không tham gia vào chiến sự. Khoảng năm 1835, ông đã làm quen với Abraham Lincoln và sớm tham gia vào chính trị địa phương, được bầu vào Hạ viện Illinois vào ngày 1 tháng 7 năm 1837 và phục vụ trong Thượng viện Illinois từ năm 1840 đến năm 1844. Năm 1844, khi đang sống ở Springfield, ông đánh bại Lincoln về các đề cử của 7 ghế quốc hội Mỹ và được bầu làm một Whig. Baker và Lincoln trở thành bạn nhanh chóng, một mối quan hệ đã tạo ra tuyên bố rằng Baker đã rửa tội Lincoln. Tuy nhiên, tuyên bố này bị cho là giả dối bởi nhà lãnh đạo kế tiếp của Phong trào Phục hồi cùng với giáo hội Chúa Kitô của Baker.

Vào tháng 9 năm 1844, Baker trưng bày can đảm bốc đồng trong một vụ việc phát sinh từ các vụ giết người của Joseph Smith, người sáng lập phong trào Latter Day Saint, bởi một đám đông trong một nhà tù ở Nauvoo, Illinois. Là một đại tá trong lực lượng dân quân địa phương, Baker là một phần của một nhóm theo đuổi các nhà lãnh đạo đám đông, người đã chạy trốn qua sông Mississippi vào Missouri. Thay vì chờ đợi cho những người khác tham gia với mình, Baker qua sông và bắt giữ những kẻ đào tẩu.

Baker phục vụ trong Quốc hội từ 04 tháng 3 năm 1845, cho đến khi ông từ chức vào ngày 24 tháng 12 năm 1846, có hiệu lực vào ngày 15, năm 1847. Ông đã từ chức trong một cuộc tranh cãi về tính hợp pháp của phần ăn của mình tại Quốc hội và quân đội. Cuộc tranh cãi nảy sinh từ Điều I, Mục 6, của Hiến pháp Hoa Kỳ, cái gọi là không tương thích khoản, trong đó nghiêm cấm một "sĩ quan của Hoa Kỳ" phục vụ trong cả hai viện của Quốc hội. Hai vẫn là bạn thân, tuy nhiên, với Lincoln đặt tên một trong những người con trai của ông Edward Baker Lincoln, trìu mến gọi là "Eddie." Lincoln và Baker thỉnh thoảng thi đấu tại Five, một dạng của bóng ném.

Trong Chiến tranh México-Mỹ, Baker một thời gian ngắn đã bỏ chính trị và được đưa như một Đại tá Trung đoàn Thứ tư của các tình nguyện binh Illinois, vào ngày 04 tháng 7 năm 1846. Trong trận Cerro Gordo, trung đoàn đã được giao cho Tướng James Shields của Illinois lữ đoàn của sư Tướng David E. Twiggs của. Khi Shields đã bị thương nặng trong một đập pháo binh, Baker mạnh dạn dẫn lữ đoàn chống lại pin pháo binh cố thủ, dẫn đến việc bắt giữ của các khẩu súng. Tổng Winfield Scott sau đó nói, "Lữ đoàn rất anh dũng của Tướng Shields, và, sau khi mùa thu của mình, Đại tá Baker, xứng đáng khen cao cho hành vi tốt đẹp của nó và thành công." Chẳng bao lâu sau khi Cerro Gordo, thời gian nhập ngũ đã kết thúc đối với nam giới của 4 Illinois và họ trở về New Orleans và đã được xuất viện vào tháng 25. Baker trở lại Springfield vào năm 1848, nhưng, thay vì chạy với Lincoln lại được đề cử vào Quốc hội, Baker chuyển đến Galena, nơi ông đã được đề cử và bầu chọn là một Whig đến Đại hội 31 (ngày 04 tháng 3 năm 1849 - 04 tháng 3 năm 1851). Ông không phải là một ứng cử viên cho renomination vào năm 1850.

Vào tháng 7 năm 1850, ông đề nghị Công ty Đường sắt Panama rằng ông tuyển dụng những người đàn ông để giúp xây dựng đường sắt. Baker đã đồng ý trả chi phí của họ từ St. Louis và Panama, và công ty sẽ gửi chúng về đến San Francisco vào tháng 1. Ông bị bệnh ở Panama với một bệnh nhiệt đới và đã phải quay trở lại Hoa Kỳ.